当前农信社改革在股权结构安排上呈分散性，主要表现在农信社产权基础是众多的小股东组成的相对均等化的股份。这种股权结构虽然可以保证农信社社员比较均等地行使民主权利。但从现代公司治理结构理论的角度来看，这种产权结构的缺陷显而易见。在现代股份制企业和银行中，股东实际上是分层的，大股东在公司因利益重大，会主动关心和介入公司管理，并通过董事会制度予以实现，属于“积极股东”；小股东在公司利益有限，不会积极介入公司管理和决策，属于“消极股东”。小股东的决策权是消极的、滞后的，对公司管理层的日常监督实际上是由大股东来执行。而在农信社中，因为缺少大股东的存在，小股东(社员)对信用社的监督代价太高，因此任何单一股东对农信社管理者的监督均不到位，存在“集体行动”的困境和“搭便车”问题。这样农信社的管理层就出现了了监督真空，使经营者行为偏离“社员利益最大化”目标，而代之以经营者利益最大化，在社员行使表决权时，由于是一人一票制，不能使具有决策能力又具有较大利益的社员在农信社重大决策中发挥核心作用，降低了决策质量和决策效率。
农信社股权结构具有封闭性。由于农信社的股份仅限于特定区域的社员，社员股份结构的封闭性使农信社的资本规模不能根据经营需要进行及时扩充或收缩。由于投票权分配和政府行政主导等方面的原因，投入资本多的社员并不能获得更多的表决权和管理权，有投入能力的社员没有增加份额的动力。随着地方经济的发展，有些农信社业务扩展迅速，而在农信社业务规模扩大后，股本补充仍处于被动引导而非主动增资的局面，导致经过多次的清产核资、增资扩股却仍然无法达到真正意义上的股权意义，成为制约农信社长期生存和发展的关键问题。
农信社股权结构具“内部”产权主导特征。农信社股权结构中内部股权占主导地位是长期存在的事实。直接导致了外部社员（股东）对经营者监督的弱化，参与管理的积极性不高，使农信社制度方面行政主导的烙印明显，使决策者可以无视股东权利，随意安排农信社经营管理的制度。
农信社管理的行政主导明显。由于农信社管理中的行政化导向使“内部人控制”的问题更加严重。由于基层农信社主要领导层是任命制，农信社的管理者不需要对社员负责，社员事实上缺乏对管理者管理监督的渠道，无法行使法律所规定的社员权利，社员的民主权利成为一种虚设，“内部人”的利益高于而不是从属于社员利益。结果，在很多地方，农信社的资金成了经营者占有的主要资源，经营者本身的利益严重侵蚀了农信社和社员的利益。而行政化导向的主要原因是农信社股权结构中的内部股占主导地位所致，省级联社成立后，这一制度上的安排，使政府无疑成为农信社产权的代表者，并有权利委任管理者来进行管理。而在目前条件下，这一制度安排又成为最适合农信社生存与发展的模式选择。
因此，从以上分析中可以看出，农村信用社的产权缺陷和行政主导造成了农信社治理结构缺陷。在这两个方面中，农信社产权缺陷是根本缺陷，产权缺陷并不仅仅表现在产权的不明晰，而且还表现在产权结构的不合理上。
加快体制制度化改革必然性
以日本合作金融体制现状为例来说明现有框架下农信社产权制度改革的缺陷与加快整体制度改革的必然性：据资料显示，日本农村合作金融组织体系分为三个层次，即基础农协合作金融部为其第一层面，相当于我国的乡镇信用社，其从事的基本业务也与我国农信社职能相似。第二层面为县信用农业协同组合联合会，相当于我国的县级联社，其主要职能是帮助基础农协合作金融部进行资金管理。第三层面为全国农业协同组合联合会中央会，即农林中央金库，由政府和县信联共同出资组建，政府派人管理，为半官半民机构，与改革后我国省级联社性质相同，从形式到内容没有根本性的差别。
日本合作金融体制中的上述三级机构都是自主经营，独立核算，自负盈亏，他们之间没有上下级隶属关系，只有经济上的往来，在业务上相互依存，在职能上互相关联，各级在股东权利方面也与我们现行的一人一票制完全类似，因此从治理结构上看，日本的合作制与我国本质的区别在于有无行政主导的问题。就合作制的性质而言，我国目前的省级联社、县级联社、农信社并不存有隶属关系，但特定历史背景下，导致了我国农信社合作性质改变，并成为我们无法充分借鉴国外成熟合作金融体制的主要障碍。
深化农信社体制改革应该说推动农村金融的发展起到了积极的意义，也出现了不同的产权和组织形式，这种形式的多元化，可以适应不同地区和不同情况的农信社。按照现代公司治理结构的要求，将现有股金逐步向真正意义上的股金权利、义务过度，并适时引进战略投资者，加快农信社商业化之路，以省为单位整体组装上市，使经济发达地区的农信社率先进入真正意义的商业化运作，使农信社由内而外发生根本性的转变。恢复和完善合作制值得重视，应重点借鉴美日两国的合作制运行模式，将上级管理的重点寓于服务当中，要逐步减少内部人的持有股份，加大个体私营经济的份额，形成社员对管理者管理能力的必要关注和一定程度的制约。即便在行政任命主要责任人的背景下，出于对自身股份的关心，也会形成对不尽职管理者的较强的压力，减少公有产权虚置造成的内部人控制问题。
对那些保持合作制形式的信用社而言，要逐步恢复农信社的合作性质，淡化行政管理倾向。尽管这一改革面临的阻力较多，在农村经济发达地区的金融需求也不适应，但从国家金融格局的整体布局看，合作制作为西方比较发达的制度存在，从长远分析仍有其积极意义和不可替代性。这有利于自愿性原则和民主管理决策原则得到贯彻。在一些欠发达地区，实际行使合作制的原则，面临着现实困难。缺乏具有管理眼光和金融意识的人才，民主管理的意识不强。但是，社员只有在民主决策的过程中才能学会民主决策、民主管理。因此，淡化行政管理，恢复信用社民主决策和民主管理的性质，是改善信用社经营和管理状况的必然选择。
在经济相对发达的农村地区，已有一些具有市场经济意识和决策能力的民营企业家，因此，商业化改革对治理机制的改进具有更强的可操作性。但如果缺乏必要的监管，大股东很可能会利用所掌握的农村金融机构无限制的填补自己企业的资金缺口，造成金融风险和对小股东的不公正对待。因此，无论采取什么样的改革形式，在减少行政干预的同时，加强对农村金融组织的监管，不啻是一个明智而现实的选择。
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