2003年国务院出台《深化农村信用社改革试点方案》，启动了新一轮农信社改革，并设计了合作制、股份合作制和股份制三种改革模式供各省市根据不同情况进行选择。从具体实施情况看，除少部分选择县、乡两级法人农信社和股份制的农村商业银行模式外，全国大部分省、市都选择了以县为单位统一法人（农村合作银行）为改革形式的股份合作制模式。那么，如何在新的历史时期、新的监管运行机制条件下，结合各地实际情况，做好监管思路、监管方式的转变与创新，提高监管效能，不断加强对统一法人农信社的监管，就成为摆在各级监管部门面前的一项重要课题。
　　当前县级法人农信社仍存在着很多突出矛盾和问题，如操作风险严重、风险拨备缺口巨大、资本充足程度严重不足等。监管部门对农信社的监管工作则仍然延续改革之前的监管模式，存在着监管方式和手段落后、事前和事中监管不到位、监管措施缺乏针对性、监管工作有效性亟待提高等问题。为此，在今后对一级法人农信社的监管工作中，应突出“六个监管重点”，并在监管方式上实现“四个转变”。

突出“六个监管重点”

　　突出法人监管。实行一级法人后，以“三会一层”为核心的农信社法人治理架构及其运行情况应该成为监管部门的首要关注点。一方面，要督促建立健全以“三会一层”为核心的农信社法人治理制度规定，严格设定内设组织机构的职责边界和议决事规则。另一方面，监管部门应畅通与农信社“三会一层”的沟通交流渠道，要对“三会一层”的运作情况进行实时监测，并督促理事会、监事会和高级管理层立足本职，发挥作用。
　　突出风险监管。根据“风险为本”的监管理念，农信社的三类风险应成为当前监管部门关注的重点。首先，要切实抓好信用风险的监管，督促农信社严格执行贷款“三查”制度，加快不良贷款“双降”进程，规范发展银行承兑汇票业务；其次，要加强操作风险监管，进一步推进案件专项治理和治理商业贿赂工作，切实遏制操作风险案件高发势头；再次，要加强合规风险监管，按照银监会《商业银行合规风险管理指引》的要求，督促县级法人农信社设置合规风险管理部门，明确各管理层级的合规风险管理职责，推进合规文化建设，为农信社的各项业务发展奠定合规经营基础。
　　突出资本充足性监管。农信社作为规模较小的地方法人金融结构，尤其需要拥有较高的资本充足率来抵御金融市场的各种风险。实行一级法人后，农信社的资本充足率较以前有了很大提升，但充足水平仍然偏低。为此，要严格落实“准确分类-提足拨备-做实利润-资本充足率达标”的审慎监管要求，督促农信社制定资本充足率达标和维持规划，对限期内未达标的要限制其资产增长、开展新业务和分红等，切实发挥资本的约束作用。
　　突出内控监管。银行业监管属于外部监管，它只有与农信社内部控制有机结合起来，将监管措施转化为农信社的内部控制要素，才能真正发挥作用。首先，应促进农信社提高内部控制意识，形成先进的内控机制和内控文化；其次，每次检查必查内控，并加大处理力度，实行动态持续监管；再次，要科学评价农信社内部控制水平，把

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